|
|
Bonding and non-bonding interaction potentials for simulations of coarse-grained protein models
Pavlíková, Markéta ; Nová, Lucie (vedoucí práce) ; Bačová, Petra (oponent)
Skládáníproteinůje proces transformace aminokyselinového řetězce do unikátní 3D struktury. Struktura proteinu je dána jeho aminokyselinovou sekvencí. Porozuměníprocesu skládáníproteinůa proteinové dynamiky je klíčové, protože funkce proteinu je úzce spjata s jeho strukturou a dynamikou. Tyto procesy lze zkoumat pomocí molekulárních simulací. Zhrubené modely, které se používají v molekulárních simulacích, nabízejí výhodný kompromis mezi výpočetní efektiv- itou a přesností. Pro použití těchto modelů je nezbytný dobře nastavený force field neboli silové pole. Silové pole zahrnuje jak vazebné, tak nevazebné inter- akčnípotenciály, které jsou odvozeny z atomistických simulacínebo ze známých, experimentálně určených proteinových struktur. V rámci této bakalářské práce byly takové potenciály získány z více než 4500 struktur z databáze PDB. 1
|
|
|
Influence of aminoacid side-chain ionization on protein structure
Tomanová, Ema ; Nová, Lucie (vedoucí práce) ; Muzdalo, Anja (oponent)
Protein folding je ovliňován různými typy interakcí. Krom hydrofobních sil a vodíkových vazeb při něm hrají důležitou roli také Coulombické síly. Jejich důležitost vyvstává hlavně v částečně rozvinutých stavech a regionů citlivých na změny v pH, tam může ionizace postranních řetězců aminokyselin způsobovat konformační změny. Lepší porozumění funkci ionizovatelných postranních řetězců v protein foldingu otevírá nové příležitosti v designu proteinů a modifikacích zlepšujících jejich vlastnosti.
|
|
|
Studium samoskladby a stupně ionizace blokových kopolymerů pomocí transmisní elektronové mikroskopie a molekulových simulací
Illés, Peter ; Nová, Lucie (vedoucí práce) ; Štěpánek, Miroslav (oponent)
Responzivní systémy blokových kopolymerů, kterých bloky mají různou afinitu ke zkoumanému rozpouštědlu mohou vytvářet struktury jako micely nebo vezikuly. Tyhle struktury jsou senzitivní ke změnám vnějších podmínek jakými jsou pH a teplota. Tyto změny často vedou k formaci nebo rozkladu micel. Pokud je jedním z bloků slabý polyelektrolyt, stupeň ionizace závisí nejenom na vnějších podmínkách, ale taktéž na konformaci řetězců. Táto práce zahrnuje studium velikosti a stupně ionizace micelárních struktur a linearních řetězců kopolymeru obsahujícího termosenzitivní a pH responzivní bloky pomocí vysokorozlišovací transmisní elektronové mikroskopie a hamiltonianských Monte Carlo simulací. 1
|
host ::
RSS.